1999 年
2月18日 環境庁がメダカをレッドリストに掲載と発表
5月 社団法人高知県生態系保護協会が「日本めだかトラスト協会」発起人を募集
8月8日 第1回全国めだかシンポジウム（高知市）
「日本めだかトラスト協会」設立準備会が発足
第1回全国めだかシンポジウム
1999年8月7～8日 （高知市・高知市女性センター・ソーレ）
岩松鷹司（愛知教育大学名誉教授）氏による基調講演
第2回全国めだかシンポジウム
2000年12月9～10日 （大阪市・鶴見緑地公園）
岩松鷹司氏（愛知教育大学名誉教授）による基調講演
第3回全国めだかシンポジウム
2002年３月23日～３月24日 （神奈川県藤沢市・藤沢市民会館）酒泉満氏（新潟大学理学部教授）による基調講演
https://kurobe56.net/fms/sympo3.htm
https://blogs.yahoo.co.jp/fujisawamedaka2013/40689489.html
第4回全国めだかシンポジウム
2002年12月7～8日 （沖縄県国頭村・比地公民館）
岩松鷹司（愛知教育大学名誉教授）、立原一憲(琉球大学理学部助教授)両氏による基調講演
第５回全国めだかシンポジウムとっとりin東郷湖
2003年6月7～8日（鳥取県羽合町・東郷町）
ケビン・ショート氏(里山自然研究家)による基調講演
第６回 全国めだかシンポジウムin菊香る越前たけふ
2004年10月9～10日（福井県武生市・武生パレスホテル）
http://toshichan.be.fukui-nct.ac.jp/okumura/medaka.pdf
岡本光之(環境省自然環境局総務課)、大西伝一郎（児童文学者）両氏による基調講演
第７回全国めだかシンポジウム
2005年11月12～13日（愛知県名古屋市・東山動植物園）
岩澤淳(岐阜大学応用生物化学部助教授)、中村滝男(日本めだかﾄﾗｽﾄ協会前事務局長)両氏による基調講演
第８回全国めだかシンポジウム
2006年11月25～26日（岐阜県世界淡水魚園水族館・アクアトトぎふ）
http://aquatotto.com/release/PDF/medaka.pdf
児玉文夫(岐阜県河川環境研究所所長)、向井貴彦(岐阜大学地域科学部講師)両氏による基調講演
第９回全国めだかシンポジウム
2007年11月10～11日（福岡県北九州市・北九州国際会議場）
基調講演「花鳥風月の里山 ～水とめだかと人間と～」講演者 柳生 博（俳優、（財）日本野鳥の会・会長）
http://www.qsr.mlit.go.jp/n-kawa/kawa-guide/2007/11/9in.html
第10回 全国めだかシンポジウム ～自然を見つめ、めだかを通して、共に生きる～
2008年5月5～6日（山形県天童温泉グランドホテル舞鶴荘）
https://kurobe56.net/fms/simpo.htm
木下政人(京都大学大学院農学研究科助教)、井尻憲一(東京大学アイソトープ総合センター教授)両氏による基調講演
第11回全国めだかシンポジウム四街道大会「めだかサミットinよつかいどう」
2009年8月8～9日（千葉県四街道市文化センター）
http://sky.geocities.jp/npo_medakanokai/summit2009.htm
http://www.tml.co.jp/satochiba/2009/pdf/medaka-menu.pdf
記念講演「人と自然との共生」 C．W．ニコル氏（作家）
第12回全国めだかシンポジウム鹿児島大会
2010年8月18～19日（鹿児島県・かごしま環境未来館）
基調講演「休耕田活用ビオトープの意義」成見和總氏 （ラムサール条約湿地『藺牟田池』（いむたいけ）の希少種・ベッコウトンボの研究家）
第13回全国めだかシンポジウムin高知
2013年10月12日（高知県高岡郡日高村・総合運動公園）
全国めだかフェスティバル（http://public-report.kasen.or.jp/253161021.pdf）と同時開催
第14回全国めだかシンポジウムin越前
2014年10月11～12日（福井県越前市）
基調講演「メダカ・ミジンコ・コウノトリをつなぐもの」吉田丈人先生（東京大学・准教授）
パネルディスカッション「メダカがつないだ活動と、今後10年の発展に向けて」
第15回全国めだかシンポジウムin豊岡
2015年8月22日（兵庫県豊岡市・じばさんTAJIMA）
http://www.tajima.or.jp/modules/ivent/index.php?entame=9018
http://www.sankei.com/region/news/150823/rgn1508230028-n1.html
https://www.sankei.com/west/news/150823/wst1508230040-n1.html
第16回全国めだかシンポジウム
2017年9月3日（山梨県富士吉田市・明日見湖）
基調講演「メダカが教えてくれたこと」尾田正二（東京大・准教授）
明見湖環境フェスティバル2017 （http://asufes.info/）と同時開催
第17回全国めだかシンポジウムin 敦賀
2018年9月22～23日（福井県敦賀市・きらめきみなと館）
基調講演「メダカが教えてくれたこと」尾田正二（東京大・准教授）
第18回全国めだかシンポジウム2019年9月24日（千葉県柏市・東京大学新領域生命棟）
ワークショップ・パネルディスカッション 「メダカ活動は今後どこへ向かうのか」
第19回全国めだかシンポジウム2020年8月（鹿児島県）
第30回メダカのコンサートと同時開催を予定するも、新型コロナウイルス感染拡大のため、中止
第20回全国めだかシンポジウム2022年11月（兵庫県豊岡市）
ハイブリッド方式でシンポジウムを開催する計画